Οι κυριότερες και επικινδυνότερες παθήσεις του κερατοειδούς είναι οι λοιμώξεις π.χ. εξ αιτίας λανθασμένης χρήσης των φακών επαφής, τα έλκη του κερατοειδούς (κυρίως τα χρόνια έλκη) οι δυστροφίες του κερατοειδούς που εμφανίζονται συνήθως σε μεγαλύτερες ηλικίες καθώς και ανωμαλίες της δομής του κερατοειδούς όπως ο κερατόκωνος.
Ο κερατόκωνος χαρακτηρίζεται από την ανάπτυξη κωνικού σχήματος του κερατοειδούς. Πρόκειται για μία μη φλεγμονώδη πάθηση του κερατοειδούς. Στην πάθηση αυτή παρουσιάζεται προοδευτική λέπτυνση και αύξηση της καμπυλότητας του κερατοειδούς. Καθώς η καμπυλότητα αυξάνει και ο κερατοειδής λεπταίνει, η όραση του ασθενούς χειροτερεύει. Η μείωση της όρασης μπορεί να είναι μικρή ή μεγάλη ανάλογα με την έκταση της βλάβης. Η ελάττωση της όρασης κυρίως οφείλεται σε ανώμαλο αστιγματισμό και μυωπία και λιγότερο σε θόλωση του κερατοειδούς. Ο κερατόκωνος συνηθέστερα εμφανίζεται στην εφηβεία ή στη δεύτερη δεκαετία της ζωής. 1 στους 2000 ανθρώπους στο γενικό πληθυσμό πάσχει από κερατόκωνο. Περίπου 1 στους 10 ασθενείς με κερατόκωνο, έχουν μέλη στην οικογένεια τους που πάσχουν από την ίδια νόσο.